במקרים רבים לוחמים רבים מוזמנים במסגרת בקשתם ותביעתם נגד הצבא לפיצויים לוועדות רפואיות. הוועדה רפואית אליה מוזמן הלוחם מורכבת מצוות רופאים, כמו גם אנשי מקצוע נוספים, להם הסמכות לדון בעניינו הרפואי של הלוחם. זאת רק בעבור קביעת גובה אחוזי הנכות על פי התקנונים והחוק וזאת לאחר שפגיעתו או מחלתו התקבלו על ידי משרד הביטחון או צה"ל.

בראש ובראשונה ישנו את שר הביטחון אשר אחראי על מינו רשימה של רופאים אשר הם האחראיים על מינוי ראשי הועדות הרפואיות השונות. אחד מאותם יושבי הראש נבחר כממונה על הועדות וככזה הוא, הוא האחראי למנות לכל בקשה את הרכב הרופאים מתוך אותה רשימת רופאים שקיימת.

החלטות הוועדה הרפואית מתקבלות על בסיס רוב. במקרים בהם הדעות שקולות נקבעת דעתו של יו"ר הוועדה הרפואית. הוא גם אחראי לקביעת מועד הוועדה הרפואית, מיקומה ופרטים טכניים נוספים. אלו מועברים לקצין התגמולים המחויב ליידע את הלוחם המוזמן לפחות כשבעה ימים לפני המועד. במידה והלוחם שהוזמן אינו יכול להתייצב לאותה וועדה רפואית יש וחובה להודיע על כך במהרה. על יו"ר האפשרות לקבוע מועד חדש. במקרים בהם לא הייתה כל הודע מצד הלוחם ואין הוא התייצב במקום ובזמן שנקבעו ראשית הוועדה לדון ולקבוע בעניינו ללא נוכחותו וזאת על פי הממצאים והחומר שברשותה.

דיוני הוועדה הרפואית בצבא הינם סודיים ומסירת מידע מתוכם נעשה רק באישור והסכמת יו"ר הוועדה. בוועדות הרפואיות רשאים להיות חברי הוועדה עצמה שנבחרו, יו"ר הוועדה, מזכיר הוועדה, נציג קצין התגמולים, הלוחם עצמו, עו"ד צבאי רפואי או מומחה רפואי מטעמו וכל אדם אחר רלוונטי שאושרה הגעתו על ידי יו"ר הוועדה.

עצם ההגעה לשלב זה והרכב הרופאים חשובים ביותר זאת בכדי שתוכל לקבוע עבור הלוחם את אחוזי הנכות ובגינם את גובה הפיצויים והקצבאות השונות. על הלוחם המגיע לוועדה להביא עימו את כל המסמכים הרלוונטיים למקרה הנידון. אלו צריכים להיות מסודרים, ערוכים וברורים בכדי לאמוד בצורה הנכונה ביותר את אופן ואופי פציעתו. חשוב שיכיר וידע לענות על אי אלו שאלות שיישאל על ידי הרופאים במקום.

לאחר קיומה של הוועדה הרפואית על קצין התגמולים להודיע ללוחם בתוך 14 יום על החלטות הוועדה ואף להגישו עותק מהפרוטוקול שחיבר מזכיר הוועדה. במקרים בהם בקשת הלוחם נדחתה על ידי הוועדה הרפואית מחויב קצין התגמולים לציין בהודעה הדחייה את זכותו של הלוחם לערער על החלטת הוועדה וזאת באמצעות בקשה מנומקת המוגשת לוועדה רפואית עליונה.